Существует несколько методик нанесения силикона при герметизации стеклопакетов в деревянных окнах.
Самый распространенный вариант - это нанесение силикона с избытком и потом удаление излишка с помощью специального шпателя.
Но бывает и другой вариант, о нем короткое видео.
Видео